create ER diagram from OMOP CDM specification
This commit is contained in:
Maxim Moinat
parent
31c7b54c2b
commit
759270d000
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@ -0,0 +1,605 @@
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erDiagram
|
||||||
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PERSON {
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
gender_concept_id integer
|
||||||
|
year_of_birth integer
|
||||||
|
month_of_birth integer
|
||||||
|
day_of_birth integer
|
||||||
|
birth_datetime datetime
|
||||||
|
race_concept_id integer
|
||||||
|
ethnicity_concept_id integer
|
||||||
|
location_id integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
care_site_id integer
|
||||||
|
person_source_value varchar
|
||||||
|
gender_source_value varchar
|
||||||
|
gender_source_concept_id integer
|
||||||
|
race_source_value varchar
|
||||||
|
race_source_concept_id integer
|
||||||
|
ethnicity_source_value varchar
|
||||||
|
ethnicity_source_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
OBSERVATION_PERIOD {
|
||||||
|
observation_period_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
observation_period_start_date date
|
||||||
|
observation_period_end_date date
|
||||||
|
period_type_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
VISIT_OCCURRENCE {
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
visit_concept_id integer
|
||||||
|
visit_start_date date
|
||||||
|
visit_start_datetime datetime
|
||||||
|
visit_end_date date
|
||||||
|
visit_end_datetime datetime
|
||||||
|
visit_type_concept_id Integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
care_site_id integer
|
||||||
|
visit_source_value varchar
|
||||||
|
visit_source_concept_id integer
|
||||||
|
admitted_from_concept_id integer
|
||||||
|
admitted_from_source_value varchar
|
||||||
|
discharged_to_concept_id integer
|
||||||
|
discharged_to_source_value varchar
|
||||||
|
preceding_visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
VISIT_DETAIL {
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
visit_detail_concept_id integer
|
||||||
|
visit_detail_start_date date
|
||||||
|
visit_detail_start_datetime datetime
|
||||||
|
visit_detail_end_date date
|
||||||
|
visit_detail_end_datetime datetime
|
||||||
|
visit_detail_type_concept_id integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
care_site_id integer
|
||||||
|
visit_detail_source_value varchar
|
||||||
|
visit_detail_source_concept_id Integer
|
||||||
|
admitted_from_concept_id Integer
|
||||||
|
admitted_from_source_value varchar
|
||||||
|
discharged_to_source_value varchar
|
||||||
|
discharged_to_concept_id integer
|
||||||
|
preceding_visit_detail_id integer
|
||||||
|
parent_visit_detail_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CONDITION_OCCURRENCE {
|
||||||
|
condition_occurrence_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
condition_concept_id integer
|
||||||
|
condition_start_date date
|
||||||
|
condition_start_datetime datetime
|
||||||
|
condition_end_date date
|
||||||
|
condition_end_datetime datetime
|
||||||
|
condition_type_concept_id integer
|
||||||
|
condition_status_concept_id integer
|
||||||
|
stop_reason varchar
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
condition_source_value varchar
|
||||||
|
condition_source_concept_id integer
|
||||||
|
condition_status_source_value varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
DRUG_EXPOSURE {
|
||||||
|
drug_exposure_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
drug_concept_id integer
|
||||||
|
drug_exposure_start_date date
|
||||||
|
drug_exposure_start_datetime datetime
|
||||||
|
drug_exposure_end_date date
|
||||||
|
drug_exposure_end_datetime datetime
|
||||||
|
verbatim_end_date date
|
||||||
|
drug_type_concept_id integer
|
||||||
|
stop_reason varchar
|
||||||
|
refills integer
|
||||||
|
quantity float
|
||||||
|
days_supply integer
|
||||||
|
sig varchar
|
||||||
|
route_concept_id integer
|
||||||
|
lot_number varchar
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
drug_source_value varchar
|
||||||
|
drug_source_concept_id integer
|
||||||
|
route_source_value varchar
|
||||||
|
dose_unit_source_value varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
PROCEDURE_OCCURRENCE {
|
||||||
|
procedure_occurrence_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
procedure_concept_id integer
|
||||||
|
procedure_date date
|
||||||
|
procedure_datetime datetime
|
||||||
|
procedure_end_date date
|
||||||
|
procedure_end_datetime datetime
|
||||||
|
procedure_type_concept_id integer
|
||||||
|
modifier_concept_id integer
|
||||||
|
quantity integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
procedure_source_value varchar
|
||||||
|
procedure_source_concept_id integer
|
||||||
|
modifier_source_value varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
DEVICE_EXPOSURE {
|
||||||
|
device_exposure_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
device_concept_id integer
|
||||||
|
device_exposure_start_date date
|
||||||
|
device_exposure_start_datetime datetime
|
||||||
|
device_exposure_end_date date
|
||||||
|
device_exposure_end_datetime datetime
|
||||||
|
device_type_concept_id integer
|
||||||
|
unique_device_id varchar
|
||||||
|
production_id varchar
|
||||||
|
quantity integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
device_source_value varchar
|
||||||
|
device_source_concept_id integer
|
||||||
|
unit_concept_id integer
|
||||||
|
unit_source_value varchar
|
||||||
|
unit_source_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
MEASUREMENT {
|
||||||
|
measurement_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
measurement_concept_id integer
|
||||||
|
measurement_date date
|
||||||
|
measurement_datetime datetime
|
||||||
|
measurement_time varchar
|
||||||
|
measurement_type_concept_id integer
|
||||||
|
operator_concept_id integer
|
||||||
|
value_as_number float
|
||||||
|
value_as_concept_id integer
|
||||||
|
unit_concept_id integer
|
||||||
|
range_low float
|
||||||
|
range_high float
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
measurement_source_value varchar
|
||||||
|
measurement_source_concept_id integer
|
||||||
|
unit_source_value varchar
|
||||||
|
unit_source_concept_id integer
|
||||||
|
value_source_value varchar
|
||||||
|
measurement_event_id integer
|
||||||
|
meas_event_field_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
OBSERVATION {
|
||||||
|
observation_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
observation_concept_id integer
|
||||||
|
observation_date date
|
||||||
|
observation_datetime datetime
|
||||||
|
observation_type_concept_id integer
|
||||||
|
value_as_number float
|
||||||
|
value_as_string varchar
|
||||||
|
value_as_concept_id Integer
|
||||||
|
qualifier_concept_id integer
|
||||||
|
unit_concept_id integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
observation_source_value varchar
|
||||||
|
observation_source_concept_id integer
|
||||||
|
unit_source_value varchar
|
||||||
|
qualifier_source_value varchar
|
||||||
|
value_source_value varchar
|
||||||
|
observation_event_id integer
|
||||||
|
obs_event_field_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
DEATH {
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
death_date date
|
||||||
|
death_datetime datetime
|
||||||
|
death_type_concept_id integer
|
||||||
|
cause_concept_id integer
|
||||||
|
cause_source_value varchar
|
||||||
|
cause_source_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
NOTE {
|
||||||
|
note_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
note_date date
|
||||||
|
note_datetime datetime
|
||||||
|
note_type_concept_id integer
|
||||||
|
note_class_concept_id integer
|
||||||
|
note_title varchar
|
||||||
|
note_text varchar
|
||||||
|
encoding_concept_id integer
|
||||||
|
language_concept_id integer
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
visit_occurrence_id integer
|
||||||
|
visit_detail_id integer
|
||||||
|
note_source_value varchar
|
||||||
|
note_event_id integer
|
||||||
|
note_event_field_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
NOTE_NLP {
|
||||||
|
note_nlp_id integer
|
||||||
|
note_id integer
|
||||||
|
section_concept_id integer
|
||||||
|
snippet varchar
|
||||||
|
offset varchar
|
||||||
|
lexical_variant varchar
|
||||||
|
note_nlp_concept_id integer
|
||||||
|
note_nlp_source_concept_id integer
|
||||||
|
nlp_system varchar
|
||||||
|
nlp_date date
|
||||||
|
nlp_datetime datetime
|
||||||
|
term_exists varchar
|
||||||
|
term_temporal varchar
|
||||||
|
term_modifiers varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
SPECIMEN {
|
||||||
|
specimen_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
specimen_concept_id integer
|
||||||
|
specimen_type_concept_id integer
|
||||||
|
specimen_date date
|
||||||
|
specimen_datetime datetime
|
||||||
|
quantity float
|
||||||
|
unit_concept_id integer
|
||||||
|
anatomic_site_concept_id integer
|
||||||
|
disease_status_concept_id integer
|
||||||
|
specimen_source_id varchar
|
||||||
|
specimen_source_value varchar
|
||||||
|
unit_source_value varchar
|
||||||
|
anatomic_site_source_value varchar
|
||||||
|
disease_status_source_value varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
FACT_RELATIONSHIP {
|
||||||
|
domain_concept_id_1 integer
|
||||||
|
fact_id_1 integer
|
||||||
|
domain_concept_id_2 integer
|
||||||
|
fact_id_2 integer
|
||||||
|
relationship_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
LOCATION {
|
||||||
|
location_id integer
|
||||||
|
address_1 varchar
|
||||||
|
address_2 varchar
|
||||||
|
city varchar
|
||||||
|
state varchar
|
||||||
|
zip varchar
|
||||||
|
county varchar
|
||||||
|
location_source_value varchar
|
||||||
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country_concept_id integer
|
||||||
|
country_source_value varchar
|
||||||
|
latitude float
|
||||||
|
longitude float
|
||||||
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}
|
||||||
|
CARE_SITE {
|
||||||
|
care_site_id integer
|
||||||
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care_site_name varchar
|
||||||
|
place_of_service_concept_id integer
|
||||||
|
location_id integer
|
||||||
|
care_site_source_value varchar
|
||||||
|
place_of_service_source_value varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
PROVIDER {
|
||||||
|
provider_id integer
|
||||||
|
provider_name varchar
|
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|
npi varchar
|
||||||
|
dea varchar
|
||||||
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specialty_concept_id integer
|
||||||
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care_site_id integer
|
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year_of_birth integer
|
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gender_concept_id integer
|
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provider_source_value varchar
|
||||||
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specialty_source_value varchar
|
||||||
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specialty_source_concept_id integer
|
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gender_source_value varchar
|
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gender_source_concept_id integer
|
||||||
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}
|
||||||
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PAYER_PLAN_PERIOD {
|
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payer_plan_period_id integer
|
||||||
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person_id integer
|
||||||
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|
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payer_plan_period_end_date date
|
||||||
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payer_concept_id integer
|
||||||
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payer_source_value varchar
|
||||||
|
payer_source_concept_id integer
|
||||||
|
plan_concept_id integer
|
||||||
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plan_source_value varchar
|
||||||
|
plan_source_concept_id integer
|
||||||
|
sponsor_concept_id integer
|
||||||
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sponsor_source_value varchar
|
||||||
|
sponsor_source_concept_id integer
|
||||||
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family_source_value varchar
|
||||||
|
stop_reason_concept_id integer
|
||||||
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stop_reason_source_value varchar
|
||||||
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stop_reason_source_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
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COST {
|
||||||
|
cost_id integer
|
||||||
|
cost_event_id integer
|
||||||
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cost_domain_id varchar
|
||||||
|
cost_type_concept_id integer
|
||||||
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currency_concept_id integer
|
||||||
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total_charge float
|
||||||
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total_cost float
|
||||||
|
total_paid float
|
||||||
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paid_by_payer float
|
||||||
|
paid_by_patient float
|
||||||
|
paid_patient_copay float
|
||||||
|
paid_patient_coinsurance float
|
||||||
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paid_patient_deductible float
|
||||||
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paid_by_primary float
|
||||||
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paid_ingredient_cost float
|
||||||
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paid_dispensing_fee float
|
||||||
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payer_plan_period_id integer
|
||||||
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amount_allowed float
|
||||||
|
revenue_code_concept_id integer
|
||||||
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revenue_code_source_value varchar
|
||||||
|
drg_concept_id integer
|
||||||
|
drg_source_value varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
DRUG_ERA {
|
||||||
|
drug_era_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
drug_concept_id integer
|
||||||
|
drug_era_start_date date
|
||||||
|
drug_era_end_date date
|
||||||
|
drug_exposure_count integer
|
||||||
|
gap_days integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
DOSE_ERA {
|
||||||
|
dose_era_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
drug_concept_id integer
|
||||||
|
unit_concept_id integer
|
||||||
|
dose_value float
|
||||||
|
dose_era_start_date date
|
||||||
|
dose_era_end_date date
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CONDITION_ERA {
|
||||||
|
condition_era_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
condition_concept_id integer
|
||||||
|
condition_era_start_date date
|
||||||
|
condition_era_end_date date
|
||||||
|
condition_occurrence_count integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
EPISODE {
|
||||||
|
episode_id integer
|
||||||
|
person_id integer
|
||||||
|
episode_concept_id integer
|
||||||
|
episode_start_date date
|
||||||
|
episode_start_datetime datetime
|
||||||
|
episode_end_date date
|
||||||
|
episode_end_datetime datetime
|
||||||
|
episode_parent_id integer
|
||||||
|
episode_number integer
|
||||||
|
episode_object_concept_id integer
|
||||||
|
episode_type_concept_id integer
|
||||||
|
episode_source_value varchar
|
||||||
|
episode_source_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
EPISODE_EVENT {
|
||||||
|
episode_id integer
|
||||||
|
event_id integer
|
||||||
|
episode_event_field_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
METADATA {
|
||||||
|
metadata_id integer
|
||||||
|
metadata_concept_id integer
|
||||||
|
metadata_type_concept_id integer
|
||||||
|
name varchar
|
||||||
|
value_as_string varchar
|
||||||
|
value_as_concept_id integer
|
||||||
|
value_as_number float
|
||||||
|
metadata_date date
|
||||||
|
metadata_datetime datetime
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CDM_SOURCE {
|
||||||
|
cdm_source_name varchar
|
||||||
|
cdm_source_abbreviation varchar
|
||||||
|
cdm_holder varchar
|
||||||
|
source_description varchar
|
||||||
|
source_documentation_reference varchar
|
||||||
|
cdm_etl_reference varchar
|
||||||
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source_release_date date
|
||||||
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cdm_release_date date
|
||||||
|
cdm_version varchar
|
||||||
|
cdm_version_concept_id integer
|
||||||
|
vocabulary_version varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CONCEPT {
|
||||||
|
concept_id integer
|
||||||
|
concept_name varchar
|
||||||
|
domain_id varchar
|
||||||
|
vocabulary_id varchar
|
||||||
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concept_class_id varchar
|
||||||
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standard_concept varchar
|
||||||
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concept_code varchar
|
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|
valid_start_date date
|
||||||
|
valid_end_date date
|
||||||
|
invalid_reason varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
VOCABULARY {
|
||||||
|
vocabulary_id varchar
|
||||||
|
vocabulary_name varchar
|
||||||
|
vocabulary_reference varchar
|
||||||
|
vocabulary_version varchar
|
||||||
|
vocabulary_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
DOMAIN {
|
||||||
|
domain_id varchar
|
||||||
|
domain_name varchar
|
||||||
|
domain_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CONCEPT_CLASS {
|
||||||
|
concept_class_id varchar
|
||||||
|
concept_class_name varchar
|
||||||
|
concept_class_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CONCEPT_RELATIONSHIP {
|
||||||
|
concept_id_1 integer
|
||||||
|
concept_id_2 integer
|
||||||
|
relationship_id varchar
|
||||||
|
valid_start_date date
|
||||||
|
valid_end_date date
|
||||||
|
invalid_reason varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
RELATIONSHIP {
|
||||||
|
relationship_id varchar
|
||||||
|
relationship_name varchar
|
||||||
|
is_hierarchical varchar
|
||||||
|
defines_ancestry varchar
|
||||||
|
reverse_relationship_id varchar
|
||||||
|
relationship_concept_id integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
CONCEPT_SYNONYM {
|
||||||
|
concept_id integer
|
||||||
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concept_synonym_name varchar
|
||||||
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language_concept_id integer
|
||||||
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}
|
||||||
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CONCEPT_ANCESTOR {
|
||||||
|
ancestor_concept_id integer
|
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|
descendant_concept_id integer
|
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|
min_levels_of_separation integer
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||||||
|
max_levels_of_separation integer
|
||||||
|
}
|
||||||
|
SOURCE_TO_CONCEPT_MAP {
|
||||||
|
source_code varchar
|
||||||
|
source_concept_id integer
|
||||||
|
source_vocabulary_id varchar
|
||||||
|
source_code_description varchar
|
||||||
|
target_concept_id integer
|
||||||
|
target_vocabulary_id varchar
|
||||||
|
valid_start_date date
|
||||||
|
valid_end_date date
|
||||||
|
invalid_reason varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
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DRUG_STRENGTH {
|
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drug_concept_id integer
|
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ingredient_concept_id integer
|
||||||
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amount_value float
|
||||||
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amount_unit_concept_id integer
|
||||||
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numerator_value float
|
||||||
|
numerator_unit_concept_id integer
|
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|
denominator_value float
|
||||||
|
denominator_unit_concept_id integer
|
||||||
|
box_size integer
|
||||||
|
valid_start_date date
|
||||||
|
valid_end_date date
|
||||||
|
invalid_reason varchar
|
||||||
|
}
|
||||||
|
COHORT {
|
||||||
|
cohort_definition_id integer
|
||||||
|
subject_id integer
|
||||||
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cohort_start_date date
|
||||||
|
cohort_end_date date
|
||||||
|
}
|
||||||
|
COHORT_DEFINITION {
|
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|
cohort_definition_id integer
|
||||||
|
cohort_definition_name varchar
|
||||||
|
cohort_definition_description varchar
|
||||||
|
definition_type_concept_id integer
|
||||||
|
cohort_definition_syntax varchar
|
||||||
|
subject_concept_id integer
|
||||||
|
cohort_initiation_date date
|
||||||
|
}
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|
PERSON ||--o{ CONCEPT : ""
|
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PERSON ||--o{ LOCATION : ""
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PERSON ||--o{ PROVIDER : ""
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PERSON ||--o{ CARE_SITE : ""
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|
OBSERVATION_PERIOD ||--o{ PERSON : ""
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||||||
|
OBSERVATION_PERIOD ||--o{ CONCEPT : ""
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||||||
|
VISIT_OCCURRENCE ||--o{ PERSON : ""
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||||||
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VISIT_OCCURRENCE ||--o{ CONCEPT : ""
|
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VISIT_OCCURRENCE ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
VISIT_OCCURRENCE ||--o{ CARE_SITE : ""
|
||||||
|
VISIT_OCCURRENCE ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
VISIT_DETAIL ||--o{ PERSON : ""
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||||||
|
VISIT_DETAIL ||--o{ CONCEPT : ""
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||||||
|
VISIT_DETAIL ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
VISIT_DETAIL ||--o{ CARE_SITE : ""
|
||||||
|
VISIT_DETAIL ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
VISIT_DETAIL ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
CONDITION_OCCURRENCE ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
CONDITION_OCCURRENCE ||--o{ CONCEPT : ""
|
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|
CONDITION_OCCURRENCE ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
CONDITION_OCCURRENCE ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
CONDITION_OCCURRENCE ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
DRUG_EXPOSURE ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
DRUG_EXPOSURE ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
DRUG_EXPOSURE ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
DRUG_EXPOSURE ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
DRUG_EXPOSURE ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
PROCEDURE_OCCURRENCE ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
PROCEDURE_OCCURRENCE ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
PROCEDURE_OCCURRENCE ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
PROCEDURE_OCCURRENCE ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
PROCEDURE_OCCURRENCE ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
DEVICE_EXPOSURE ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
DEVICE_EXPOSURE ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
DEVICE_EXPOSURE ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
DEVICE_EXPOSURE ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
DEVICE_EXPOSURE ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
MEASUREMENT ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
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MEASUREMENT ||--o{ CONCEPT : ""
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MEASUREMENT ||--o{ PROVIDER : ""
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MEASUREMENT ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
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MEASUREMENT ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
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||||||
|
OBSERVATION ||--o{ PERSON : ""
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||||||
|
OBSERVATION ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
OBSERVATION ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
OBSERVATION ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
OBSERVATION ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
DEATH ||--o{ PERSON : ""
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||||||
|
DEATH ||--o{ CONCEPT : ""
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NOTE ||--o{ PERSON : ""
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NOTE ||--o{ CONCEPT : ""
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|
NOTE ||--o{ PROVIDER : ""
|
||||||
|
NOTE ||--o{ VISIT_OCCURRENCE : ""
|
||||||
|
NOTE ||--o{ VISIT_DETAIL : ""
|
||||||
|
NOTE_NLP ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
SPECIMEN ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
SPECIMEN ||--o{ CONCEPT : ""
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FACT_RELATIONSHIP ||--o{ CONCEPT : ""
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|
LOCATION ||--o{ CONCEPT : ""
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|
CARE_SITE ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CARE_SITE ||--o{ LOCATION : ""
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|
PROVIDER ||--o{ CONCEPT : ""
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||||||
|
PROVIDER ||--o{ CARE_SITE : ""
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PAYER_PLAN_PERIOD ||--o{ PERSON : ""
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||||||
|
PAYER_PLAN_PERIOD ||--o{ CONCEPT : ""
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||||||
|
COST ||--o{ DOMAIN : ""
|
||||||
|
COST ||--o{ CONCEPT : ""
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||||||
|
DRUG_ERA ||--o{ PERSON : ""
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||||||
|
DRUG_ERA ||--o{ CONCEPT : ""
|
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|
DOSE_ERA ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
DOSE_ERA ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CONDITION_ERA ||--o{ PERSON : ""
|
||||||
|
CONDITION_ERA ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
EPISODE ||--o{ PERSON : ""
|
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|
EPISODE ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
EPISODE_EVENT ||--o{ EPISODE : ""
|
||||||
|
EPISODE_EVENT ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
METADATA ||--o{ CONCEPT : ""
|
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|
CDM_SOURCE ||--o{ CONCEPT : ""
|
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|
CONCEPT ||--o{ DOMAIN : ""
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||||||
|
CONCEPT ||--o{ VOCABULARY : ""
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||||||
|
CONCEPT ||--o{ CONCEPT_CLASS : ""
|
||||||
|
VOCABULARY ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
DOMAIN ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CONCEPT_CLASS ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CONCEPT_RELATIONSHIP ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CONCEPT_RELATIONSHIP ||--o{ RELATIONSHIP : ""
|
||||||
|
RELATIONSHIP ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CONCEPT_SYNONYM ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
CONCEPT_ANCESTOR ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
SOURCE_TO_CONCEPT_MAP ||--o{ CONCEPT : ""
|
||||||
|
SOURCE_TO_CONCEPT_MAP ||--o{ VOCABULARY : ""
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||||||
|
DRUG_STRENGTH ||--o{ CONCEPT : ""
|
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|
COHORT_DEFINITION ||--o{ CONCEPT : ""
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|
@ -0,0 +1,55 @@
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||||||
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|
cdmVersion <- '5.4'
|
||||||
|
cdmPart <- c('CDM','VOCAB', 'RESULTS')
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||||||
|
cdmTableCsvLoc <- system.file(file.path("csv", paste0("OMOP_CDMv", cdmVersion, "_Table_Level.csv")), package = "CommonDataModel", mustWork = TRUE)
|
||||||
|
cdmFieldCsvLoc <- system.file(file.path("csv", paste0("OMOP_CDMv", cdmVersion, "_Field_Level.csv")), package = "CommonDataModel", mustWork = TRUE)
|
||||||
|
|
||||||
|
tableSpecs <- read.csv(cdmTableCsvLoc, stringsAsFactors = FALSE)
|
||||||
|
cdmSpecs <- read.csv(cdmFieldCsvLoc, stringsAsFactors = FALSE)
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||||||
|
|
||||||
|
mermaidDdlLines <- c()
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|
mermaidFkLines <- c()
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||||||
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for (i in 1:nrow(tableSpecs)) {
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||||||
|
table <- tableSpecs[i,]
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|
tableName <- table$cdmTableName
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||||||
|
if (!(table$schema %in% cdmPart)) {
|
||||||
|
next
|
||||||
|
}
|
||||||
|
mermaidDdlLines <- c(mermaidDdlLines,
|
||||||
|
sprintf(' %s {', tableName))
|
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||||||
|
fields <- subset(cdmSpecs, cdmTableName == tableName)
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||||||
|
for (j in 1:nrow(fields)) {
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||||||
|
field <- fields[j,]
|
||||||
|
cdmFieldName <- field$cdmFieldName
|
||||||
|
cdmDataType <- field$cdmDatatype
|
||||||
|
if (startsWith(cdmDataType, 'varchar')) {
|
||||||
|
cdmDataType <- 'varchar'
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||||||
|
}
|
||||||
|
if (cdmFieldName == '"offset"') {
|
||||||
|
cdmFieldName <- 'offset'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
mermaidDdlLines <- c(mermaidDdlLines,
|
||||||
|
sprintf(' %s %s', cdmFieldName, cdmDataType))
|
||||||
|
|
||||||
|
if (field$isForeignKey == 'Yes') {
|
||||||
|
fkTable <- subset(tableSpecs, cdmTableName == field$fkTableName)
|
||||||
|
if (!(fkTable$schema %in% cdmPart)) {
|
||||||
|
next
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
fkRelation <- sprintf(' %s ||--o{ %s : ""', tableName, field$fkTableName)
|
||||||
|
if (fkRelation %in% mermaidFkLines) {
|
||||||
|
next
|
||||||
|
}
|
||||||
|
mermaidFkLines <- c(mermaidFkLines,
|
||||||
|
fkRelation)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
mermaidDdlLines <- c(mermaidDdlLines, ' }')
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
mermaidString <- paste(c('erDiagram', mermaidDdlLines, mermaidFkLines), collapse = '\n')
|
||||||
|
fileName <- sprintf('OMOP_CDMv%s_ER_Diagram.mmd', cdmVersion)
|
||||||
|
write(mermaidString, file.path('extras', fileName))
|
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|
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