Made changes to adhere to the new CDM changes for version 5.1
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Karthik Natarajan
parent
a8d6557a56
commit
aef6a3a550
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@ -195,7 +195,7 @@ Standardized meta-data
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CREATE TABLE cdm_source
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(
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(
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cdm_source_name VARCHAR(255) NOT NULL,
|
||||
cdm_source_abbreviation VARCHAR(25) NULL,
|
||||
cdm_holder VARCHAR(255) NULL,
|
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@ -206,7 +206,7 @@ CREATE TABLE cdm_source
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cdm_release_date DATE NULL,
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||||
cdm_version VARCHAR(10) NULL,
|
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vocabulary_version VARCHAR(20) NULL
|
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)
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)
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;
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@ -223,13 +223,13 @@ Standardized clinical data
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CREATE TABLE person
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(
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(
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person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
gender_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
year_of_birth INTEGER NOT NULL ,
|
||||
month_of_birth INTEGER NULL,
|
||||
day_of_birth INTEGER NULL,
|
||||
time_of_birth VARCHAR(10) NULL,
|
||||
datetime_of_birth DATETIME2 NULL,
|
||||
race_concept_id INTEGER NOT NULL,
|
||||
ethnicity_concept_id INTEGER NOT NULL,
|
||||
location_id INTEGER NULL,
|
||||
|
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@ -242,7 +242,7 @@ CREATE TABLE person
|
|||
race_source_concept_id INTEGER NULL,
|
||||
ethnicity_source_value VARCHAR(50) NULL,
|
||||
ethnicity_source_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
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;
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@ -250,25 +250,27 @@ CREATE TABLE person
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CREATE TABLE observation_period
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||||
(
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(
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||||
observation_period_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
observation_period_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
observation_period_start_datetime DATETIME2 NOT NULL ,
|
||||
observation_period_end_date DATE NOT NULL ,
|
||||
observation_period_end_datetime DATETIME2 NOT NULL ,
|
||||
period_type_concept_id INTEGER NOT NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
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|
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||||
CREATE TABLE specimen
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
specimen_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
specimen_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
specimen_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
specimen_date DATE NOT NULL ,
|
||||
specimen_time VARCHAR(10) NULL ,
|
||||
specimen_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
quantity FLOAT NULL ,
|
||||
unit_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
anatomic_site_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
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|
@ -278,49 +280,50 @@ CREATE TABLE specimen
|
|||
unit_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
anatomic_site_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
disease_status_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE death
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
death_date DATE NOT NULL ,
|
||||
death_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
cause_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
cause_source_value VARCHAR(50) NULL,
|
||||
cause_source_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE visit_occurrence
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
visit_occurrence_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
visit_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
visit_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
visit_start_time VARCHAR(10) NULL ,
|
||||
visit_start_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
visit_end_date DATE NOT NULL ,
|
||||
visit_end_time VARCHAR(10) NULL ,
|
||||
visit_end_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
visit_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
provider_id INTEGER NULL,
|
||||
care_site_id INTEGER NULL,
|
||||
visit_source_value VARCHAR(50) NULL,
|
||||
visit_source_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE procedure_occurrence
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
procedure_occurrence_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
procedure_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
procedure_date DATE NOT NULL ,
|
||||
procedure_datetime DATETIME2 NOT NULL ,
|
||||
procedure_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
modifier_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
quantity INTEGER NULL ,
|
||||
|
|
@ -329,18 +332,20 @@ CREATE TABLE procedure_occurrence
|
|||
procedure_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
procedure_source_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
qualifier_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE drug_exposure
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
drug_exposure_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
drug_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
drug_exposure_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
drug_exposure_start_datetime DATETIME2 NOT NULL ,
|
||||
drug_exposure_end_date DATE NULL ,
|
||||
drug_exposure_end_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
drug_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
stop_reason VARCHAR(20) NULL ,
|
||||
refills INTEGER NULL ,
|
||||
|
|
@ -357,17 +362,19 @@ CREATE TABLE drug_exposure
|
|||
drug_source_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
route_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
dose_unit_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE device_exposure
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
device_exposure_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
device_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
device_exposure_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
device_exposure_start_datetime DATETIME2 NOT NULL ,
|
||||
device_exposure_end_date DATE NULL ,
|
||||
device_exposure_end_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
device_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
unique_device_id VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
quantity INTEGER NULL ,
|
||||
|
|
@ -375,35 +382,37 @@ CREATE TABLE device_exposure
|
|||
visit_occurrence_id INTEGER NULL ,
|
||||
device_source_value VARCHAR(100) NULL ,
|
||||
device_source_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE condition_occurrence
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
condition_occurrence_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
condition_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
condition_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
condition_start_datetime DATETIME2 NOT NULL ,
|
||||
condition_end_date DATE NULL ,
|
||||
condition_end_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
condition_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
stop_reason VARCHAR(20) NULL ,
|
||||
provider_id INTEGER NULL ,
|
||||
visit_occurrence_id INTEGER NULL ,
|
||||
condition_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
condition_source_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE measurement
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
measurement_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
measurement_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
measurement_date DATE NOT NULL ,
|
||||
measurement_time VARCHAR(10) NULL ,
|
||||
measurement_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
measurement_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
operator_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
value_as_number FLOAT NULL ,
|
||||
|
|
@ -417,34 +426,34 @@ CREATE TABLE measurement
|
|||
measurement_source_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
unit_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
value_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE note
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
note_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
note_date DATE NOT NULL ,
|
||||
note_time VARCHAR(10) NULL ,
|
||||
note_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
note_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
note_text VARCHAR(MAX) NOT NULL ,
|
||||
provider_id INTEGER NULL ,
|
||||
visit_occurrence_id INTEGER NULL ,
|
||||
note_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE observation
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
observation_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
observation_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
observation_date DATE NOT NULL ,
|
||||
observation_time VARCHAR(10) NULL ,
|
||||
observation_datetime DATETIME2 NULL ,
|
||||
observation_type_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
value_as_number FLOAT NULL ,
|
||||
value_as_string VARCHAR(60) NULL ,
|
||||
|
|
@ -457,19 +466,19 @@ CREATE TABLE observation
|
|||
observation_source_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
unit_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
qualifier_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE fact_relationship
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
domain_concept_id_1 INTEGER NOT NULL ,
|
||||
fact_id_1 INTEGER NOT NULL ,
|
||||
domain_concept_id_2 INTEGER NOT NULL ,
|
||||
fact_id_2 INTEGER NOT NULL ,
|
||||
relationship_concept_id INTEGER NOT NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -484,7 +493,7 @@ Standardized health system data
|
|||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE location
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
location_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
address_1 VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
address_2 VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
|
|
@ -493,26 +502,26 @@ CREATE TABLE location
|
|||
zip VARCHAR(9) NULL ,
|
||||
county VARCHAR(20) NULL ,
|
||||
location_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE care_site
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
care_site_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
care_site_name VARCHAR(255) NULL ,
|
||||
place_of_service_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
location_id INTEGER NULL ,
|
||||
care_site_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
place_of_service_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE provider
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
provider_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
provider_name VARCHAR(255) NULL ,
|
||||
NPI VARCHAR(20) NULL ,
|
||||
|
|
@ -526,7 +535,7 @@ CREATE TABLE provider
|
|||
specialty_source_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
gender_source_value VARCHAR(50) NULL ,
|
||||
gender_source_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -540,7 +549,7 @@ Standardized health economics
|
|||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE payer_plan_period
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
payer_plan_period_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
payer_plan_period_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
|
|
@ -548,7 +557,7 @@ CREATE TABLE payer_plan_period
|
|||
payer_source_value VARCHAR (50) NULL ,
|
||||
plan_source_value VARCHAR (50) NULL ,
|
||||
family_source_value VARCHAR (50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -632,7 +641,7 @@ CREATE TABLE device_cost
|
|||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE cost
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
cost_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
cost_event_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
cost_domain_id VARCHAR(20) NOT NULL ,
|
||||
|
|
@ -653,7 +662,7 @@ CREATE TABLE cost
|
|||
amount_allowed FLOAT NULL ,
|
||||
revenue_code_concept_id INTEGER NULL ,
|
||||
reveue_code_source_value VARCHAR(50) NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -667,17 +676,17 @@ Standardized derived elements
|
|||
************************/
|
||||
|
||||
CREATE TABLE cohort
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
cohort_definition_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
subject_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
cohort_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
cohort_end_date DATE NOT NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE cohort_attribute
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
cohort_definition_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
cohort_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
cohort_end_date DATE NOT NULL ,
|
||||
|
|
@ -685,14 +694,14 @@ CREATE TABLE cohort_attribute
|
|||
attribute_definition_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
value_as_number FLOAT NULL ,
|
||||
value_as_concept_id INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE drug_era
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
drug_era_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
drug_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
|
|
@ -700,12 +709,12 @@ CREATE TABLE drug_era
|
|||
drug_era_end_date DATE NOT NULL ,
|
||||
drug_exposure_count INTEGER NULL ,
|
||||
gap_days INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE dose_era
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
dose_era_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
drug_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
|
|
@ -713,21 +722,21 @@ CREATE TABLE dose_era
|
|||
dose_value FLOAT NOT NULL ,
|
||||
dose_era_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
dose_era_end_date DATE NOT NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
CREATE TABLE condition_era
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
condition_era_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
person_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
condition_concept_id INTEGER NOT NULL ,
|
||||
condition_era_start_date DATE NOT NULL ,
|
||||
condition_era_end_date DATE NOT NULL ,
|
||||
condition_occurrence_count INTEGER NULL
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
;
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
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